Ketika putri Mari Gilbert menghilang, polisi tidak bertindak mendorong investigasinya sendiri ke komunitas Long Island yang terjaga keamanannya di mana Shannan terakhir kali terlihat. Pencariannya membawa perhatian ke lebih dari selusin pekerja seks yang terbunuh.

Setelah supervillain Shredder lolos dari tahanan, ia bergabung dengan ilmuwan gila Baxter Stockman dan dua antek bodoh, Bebop dan Rocksteady, untuk melepaskan rencana jahat untuk mengambil alih dunia. Ketika Turtles bersiap untuk menghadapi Shredder dan kru barunya, mereka menemukan diri mereka menghadapi kejahatan yang bahkan lebih besar dengan niat yang sama: Krang yang terkenal kejam.