Dua tahun setelah peristiwa Perang Ninja Besar Keempat, bulan yang Hagoromo Otsutsuki ciptakan sejak lama untuk menyegel Patung Gedo mulai turun ke dunia, mengancam untuk menjadi meteor yang akan menghancurkan segala sesuatu yang terkena dampak. Di tengah krisis ini, keturunan langsung Kaguya Otsutsuki bernama Toneri Otsutsuki mencoba untuk menculik Hinata Hyuga tetapi akhirnya menculik adik perempuannya Hanabi. Naruto dan sekutunya sekarang melakukan misi penyelamatan sebelum menemukan diri mereka terlibat dalam pertempuran terakhir untuk menentukan nasib segalanya.

Enam belas tahun yang lalu, seorang ninja bertopeng misterius melepaskan makhluk kuat yang dikenal sebagai Sembilan Rubah Ekor Sembilan di Desa Konoha Konoha, yang menewaskan banyak orang. Sebagai tanggapan, Hokage Keempat, Minato Namikaze dan istrinya, Kushina Uzumaki, penjara hidup Demon Fox atau Jinchūriki, berhasil menyegel makhluk itu di dalam putra mereka yang baru lahir, Naruto Uzumaki. Dengan Binatang Ekor disegel, hal-hal berlanjut seperti biasa. Namun, pada hari ini, perdamaian berakhir ketika sekelompok ninja yang disebut Akatsuki menyerang Konoha di bawah bimbingan Tobi, pria bertopeng misterius di belakang mengamuk Fox tahun yang lalu yang berniat melaksanakan rencananya untuk memerintah dunia dengan menyelimutinya dalam ilusi.

Naruto, Shikamaru, dan Sakura menjalankan misi mereka untuk mengantarkan hewan peliharaan yang hilang ke desa tertentu. Namun, tepat di tengah-tengah hal, pasukan yang dipimpin oleh ksatria misterius, Temujin, menyerang mereka. Dalam pertempuran sengit, ketiganya menjadi terpisah. Temujin menantang Naruto untuk bertarung dan di akhir pertempuran sengit, keduanya jatuh bersama dari tebing tinggi …

Ninja dengan batas garis keturunan mulai menghilang di semua negara dan titik menyalahkan terhadap negara api. Atas perintah Tsunade, Kakashi dikorbankan untuk mencegah perang habis-habisan. Setelah mewarisi pesona yang ditinggalkan oleh Kakashi, Naruto bertarung melalui teman dan musuh untuk mencegah kematiannya sambil mengubah pikiran orang-orang yang telah mewarisi kehendak api.

Sekelompok ninja misterius membuat serangan mendadak pada Konohagakure, yang membutuhkan kerusakan besar. Mimpi buruk Perang Dunia Shinobi lain bisa menjadi kenyataan. Sasuke, yang masih nin hilang dari Konoha mencoba membunuh saudaranya, Itachi, muncul untuk kedua kalinya di depan Naruto di lokasi yang tidak diketahui untuk mencegah hal itu terjadi.

Setelah penangkapannya karena percobaan pembunuhan Raikage, pemimpin Kumogakure, serta membunuh Jōnin dari Kirigakure dan Iwagakure, Naruto dipenjara di Hōzukijou: Sebuah fasilitas penahanan kriminal yang dikenal sebagai Penjara Darah. Mui, penguasa kastil, menggunakan teknik pemenjaraan pamungkas untuk mencuri kekuasaan dari para tahanan, yang ketika Naruto mengetahui bahwa hidupnya telah menjadi sasaran. Maka dimulailah pertempuran untuk mengungkap kebenaran di balik pembunuhan misterius dan membuktikan bahwa Naruto tidak bersalah.